Tras dos años de cierta tranquilidad bajo el cuerpo rejuvenecido de Haibara, la oportunidad de volver a sus cuerpos originales, se hace real con la sorpresa del antídoto definitivo. Shiho pasa días con la incertidumbre de que las sombras volviesen a resurgir para recordarle que no había acabado con su pasado, pero la tranquilidad le hace cometer el error de bajar la guardia. Y cuando Gin aparece con su beretta, ninguno de los dos es la misma persona del pasado y aparte del odio, hay muchas emociones que parecen siendo las mismas.