Freya een meisje dat gevonden is, zonder ouders, in Mydna een klein dorp in Hyrule, Leert haar zelf vechten, zwaard en boog. Op een dag komt er een mysterieus figuur op haar af, en vraagt of hij haar wil helpen. Het land van de Twilight (Schemering) Komt, en die hebben geen goede bedoelingen...... Kan zij Hyrule helpen?