Agatha Magic Academy adalah sebuah sekolah sihir yang terletak di sebuah pulau tersembunyi di Kerajaan Envuella. Sekolah ini didirikan oleh Agatha, seorang penyihir legendaris yang ingin menyebarkan ilmu sihir kepada generasi muda. Di sekolah ini, para siswa belajar berbagai macam sihir, mulai dari sihir dasar hingga sihir tingkat lanjut. Mereka juga berinteraksi dengan berbagai makhluk magis, seperti peri, naga, dan unicorn. Tokoh utama cerita ini adalah Scarlett de Valois, seorang gadis berusia 15 tahun, putri dari Duke Valois. Luna tidak tahu bahwa dia memiliki bakat sihir yang luar biasa, sampai suatu hari, dia mendapat surat undangan dari Agatha Magic Academy. Luna pun memutuskan untuk menerima undangan tersebut dan berangkat ke Academy. Di sana, dia bertemu dengan teman-teman barunya, melewati banyak petualangan untuk mencari tahu banyak hal terkait asal-usulnya.