Mineły dwa lata, odkąd Sonic i jego przyjaciele, uratowali planete o nazwie "Ziemia" od złego doktora. Niestety podczas ratowania planety niebieski bohater stracił kogoś ważnego, mianowicie swojego "wroga" czarnego jeża o imieniu Shadow, który po uratowaniu planety stracił przytomność i spadł na Ziemię.. Po utracie Shadowa, on jak i jego przyjaciele wrócili na swoją planetę. Sonic nie umiał zapomnieć o całym tym wydarzeniu jak i o odważnym jeżu, który pomógł mu w zdobyciu celu... Jednakże, pewnego dnia gdy walczył z Eggmanem, zdarzyło się coś, czego nigdy w życiu nie zapomni... (Jest to taka kontynuacja zdarzeń z Sonic X, ale trochę pozmieniane! Pomysł ofc mój >. <)