Nel luogo del convento di San Francesco si trovava, in età longobarda, una chiesa dedicata a san Costanzo. Questa è menzionata nello Obituarium S. Spiritus (iniziato nel 1198) ma, considerando i reperti che ne rimangono, può essere stata fondata attorno all'anno 950.[1]
Secondo la tradizione, in questa chiesa si fermò Francesco d'Assisi, in tempi successivi all'approvazione della Regola (1210). Alcune versioni riportano che il santo era in pellegrinaggio verso il santuario di San Michele Arcangelo, altre che si trattava di un secondo viaggio, nel 1222. Di passaggio a Benevento in un periodo di forte siccità, il santo avrebbe pregato nella chiesa di San Costanzo ed ottenuto immediatamente la pioggia; così gli fu donato l'edificio sacro. Sarebbe questo l'episodio che segna la nascita della comunità dei frati minori conventuali di Benevento.[2]
È del 31 gennaio 1243 l'atto notarile con cui i patrizi beneventani Pietro Stampalupo, Landolfo Cantalupo e Roffredo Persico, che godevano di patronato sulla chiesa di San Costanzo, lasciarono questa e tutte le sue pertinenze circostanti ai frati.[3] A questo punto, però, l'attività conventuale era già ben avviata.
Lo testimonia una bolla di papa Gregorio IX del 1240, con cui i frati erano invitati a contribuire economicamente alla difesa della città pontificia. Nel 1247 una bolla di papa Innocenzo IV autorizzava un francescano di Benevento a ritirare la scomunica per coloro che avevano dovuto trattare con Federico II di Svevia. Nel 1260 il convento era una delle cinque "custodie" in cui fu ripartita la Provincia francescana di Terra di Lavoro. Dimostrazioni di stima per il padre guardiano del convento sono due bolle del 1279 e del 1291, emanate dai papi Niccolò III e Niccolò IV rispettivamente. Niccolò IV concesse anche indulgenze a chi visitava la chiesa conventuale.[4]
Grazie alle offerte dei fedeli, nel corso del XIV secolo i frati provvidero a costruire l'attuale chiesa con il convento articolato su due chiostri, che inglobarono anche la chiesa di San Costanzo. I lavori continuarono anche nel secolo successivo con la decorazione dell'abside. Nel 1601 fu poi affrescato uno dei due chiostri.[5]
Il complesso fu molto danneggiato dal terremoto del 1702 e ricostruito per interessamento dell'arcivescovo di Benevento Vincenzo Maria Orsini (poi papa Benedetto XIII): gli altari della chiesa riparata furono consacrati nel 1710.[6]
Nel 1806 il convento di San Francesco, come gli altri cenobi cittadini, fu soppresso per decreto di Talleyrand, principe di Benevento in età napoleonica.[7] La comunità fu ripristinata nel 1815 ma, a partire dal 1829, condivise l'edificio con i soldati pontifici.[8] Tuttavia il 4 dicembre 1860 il convento fu di nuovo sgomberato per ordine di Carlo Torre, governatore della città durante l'occupazione garibaldina, anticipando l'abolizione degli ordini religiosi ufficializzata l'anno successivo. Il 20 ottobre 1865 fu chiusa anche la chiesa.[9]
L'ex complesso conventuale ospitò quindi il distretto militare "Sant'Antonio", istituito nel 1870[10], e fu profondamente trasformato. In particolare la chiesa fu suddivisa in due piani tramite un solaio e usata come dormitorio. Qualche danno ulteriore si ebbe con i bombardamenti di settembre 1943, durante la seconda guerra mondiale. Il convento si trova a margine dell'area più devastata dagli eventi bellici.Nel 1959 chiesa e convento tornarono in possesso dei frati minori conventuali che, con il contributo della Cassa per il Mezzogiorno, promossero il restauro dei due edifici, progettato dall'architetto Ezio Bruno De Felice. Il restauro, pur prevedendo la ricostruzione di qualche porzione, consisté soprattutto dell'abbattimento delle strutture aggiunte per l'utilizzo come caserma. La chiesa fu riaperta al culto il 21 dicembre 1968.(fonti Wikipedia)
