Mengambil latar di Inggris, terdapat 3 siswa terkenal-elit dan pintar mereka adalah A3 yang terdiri dari Felix D'arsborque (pemimpin), Martin Rendra dan Samuel Alonso. Mereka bersekolah disekolah menengah atas bergengsi IMPERIAL SCHOOL. Suatu hari mereka bertiga pulang latihan bersama dan bertemu dengan kakek tua misterius yang membawa sebuah buku komik. Mereka bingung sambil menatap kakek tua tersebut. Tiba-tiba kakek tua tersebut berkata bahwa mereka bertiga adalah 3 tokoh utama dalam komik tersebut yang berjudul "MISTERY". Akankah mereka tetap menjalani kehidupan mereka yang biasa atau berubah...