Tome 1: Yoshi Hamato perd son emploie, sa femme et sa maison dans la même semaine. La famille Hamato se retrouve donc à la merci du seul endroit qui leur reste, le studio. Bien obligé de déloger la famille Jones, la famille Hamato emménage dans ce logement plus ou moins délabré. Les quatre frères Donatello, Michelangelo, Raphaël et Léonardo vont rapidement se rendre compte que les problèmes familiaux se poursuivent aussi à l'école et que les problèmes scolaires se répercutent à la maison. Pour ajouter un point "positif" à tous cela, la ville est assiégé par des Ninja Foots qui font monter le taux de criminalité à New York. La ville aura besoin d'héros plus que jamais. Tome 2: 12 ans ont passés depuis le terrible drame menant à la fin des Foot. Raphaël est devenu un policier respecter ayant un peu trop tendance à frapper ses ennemis jusqu'à les faire parler. Il élève sa fille Miwa, en compagnie de ses trois frères. Donatello est aujourd'hui un grand scientifique qui retrouve sa vie de nouveau bouleverser suite au retour d'April. Pour Michelangelo, la vie est simple et facile, il dirige un magasin de bandes dessinées et passe ses soirées à conquérir des filles, enfin, jusqu'à... elle. Léonardo ne s'est jamais éloigné du Ninjutsu et c'est probablement cela qui le mène directement dans les griffes du nouvel ennemi, les Kraangs.