Depois de vinte anos após a Quinta Guerra do Santo Graal, em Fuyuki, o Graal é invocado novamente por forças místicas, mas em Viena, Áustria. Isabela de Luna Castelo, de uma família de magos de classe inferior, recebe o selo, e é obrigada a viajar até a Áustria para lutar na Sexta Guerra do Santo Graal.