Dans la première partie de la saison, une meute d'Alphas arrive à Beacon Hills. Scott et Derek vont devoir les combattre pour sauver leurs vies et celles de leurs amis. En parallèle, de nombreux assassinats sont commis à la manière de ce qui ressemble à des sacrifices humains. Dans la deuxième partie, des démons japonais, les Onis, arrivent à Beacon Hills, tandis que Stiles se retrouve possédé par un esprit maléfique japonais (un Nogitsune) qui sème la terreur.