Homoja agentteja tarina kertoo neljästä kaveruksesta: Rauhasta, Agnesista, Westistä ja Sulhosta, jotka tavallisten töiden lisäksi toimivat agentteina BK nimisessä järjestössä. Tarinan aikana Rauha tajuaa rakastavansa Agnesia enemmän kuin ystävää. West törmää kahvilassa 1800-luvun mukaan pukeutuvaan lääkäriin ja rakastuu tähän. BK:lle tulee ongelma, kun heidän vihollisensa SY suunnittelee hyökkäystä. SY on siis toinen agentti järjestö, jonka johtaja haluaa vallata maailman.