Mario, Luigi, la princesa Peach, la princesa Daisy y un séquito de Toads y Yoshis son invitados al vecino Reino de las Flores por su gobernante, el Príncipe Florian, para ver una demostración de una Flor Maravilla; Grandes tesoros del Reino de las Flores que pueden deformar la realidad. Bowser interrumpe la ceremonia y se apodera de la Flor Maravilla, usando su poder para fusionarse con el castillo del Príncipe Florian, convirtiéndose en una fortaleza voladora gigante y aprisionando a los ciudadanos del Reino de las Flores.
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