Luca, ein 16-jähriges Mädchen, war selber ein Opfer des Vorfalls von vor 10 Jahren. Sie war dort mit ihren Freunden, die das leider nicht überlebt hatten und sie wurde selbst erst nach 5 Jahren gerettet. Yusaku Fujiki ist ein Schüler der Den City High School und ist als "Loner" bekannt, solange bis das mysteriöse Mädchen L an dieser Schule auftauchte. Auch in Link VRAINS tauchte der mysteriöse Charakter Shadow auf und mischt sich dort in die Angelegenheiten. Er scheint von den Vorfall von vor 10 Jahren Bescheid zu wissen. Wer genau ist Shadow? Was hat es sich mit L auf sich? Woher wissen beide von dem Vorfall von vor 10 Jahren?