Megaman Zero: Before Darkness, Alguns Anos antes da famosa Guerra Elfa, Zero está em sua Cápsula descansando e Cabe a X Estabelecer a Paz entre os Humanos e os Robôs (Reploids), Seu trabalho foi eficiente nesse tempo porém o mal havia tomado uma forma ainda mais poderosa, Cabe então aos Maverick Hunters: X e Axl lidar com o que estava por vir.