Satu tahun berlalu setelah perseteruan antara Aliansi Bumi dan PLANTs kembali terjadi, ORB telah bangkit dari keterpuruknnya setelah perang tersebut. Semua itu berkat kegigihan sang Representative ORB, Cagalli Yula Atha. Namun, sang Goddess of Victory tersebut akan menghadapi masalah yang sangat besar menyangkut nyawanya dan nyawa saudara kembarnya, Kira.