Sonic, Tails, Knuckles e Amy vivem uma aventura contra Robotnik, Fang e Trip em Northstar Island, mas eles terão poderes novos graças as Esmeraldas do Caos.
Em Sky Temple, Sonic, Amy, Tails e Knuckles começam a andarem por Sky Temple, enfrentam os Badniks, eles sobem encima dos blocos voadores, eles passam por um Special Stage para pegar a Esmeralda do Caos Roxa
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A esmeralda roxa permite que eles vejam objetos invisíveis
Sonic"é o poder mais inútil que eu já vi"
Eles voltam à seguir em frente, passam por um elevador, eles acabam entrando em um tornado, eles são jogados para uma base cheia de robôs e quando saem, eles encontram o Robotnik
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Robotnik joga cerras em forma de energias, joga hélices e quebra o chão, Knuckles usa o poder da Esmeralda Azul para fazer clones e assim derrotar mais fácil o Robotnik, Sonic derruba a Esmeralda roxa e quem pega é o Tails, ao derrotarem Robotnik, eles seguem em frente, descem por um balão até Pinball Carnival.
