Обито использует свою новую силу, чтобы разрушить барьер, вынудив Хокаге направить энергию, которую они потратили на воздвижение барьера, в битву. Поскольку у них были бессмертные тела, они первыми переходят в нападение, чтобы остальные могли узнать подробнее о новых способностях Обито, однако быстро терпят поражение. Саске и Наруто также вступают в конфронтацию, но едва не погибают, спасаясь благодаря Наруто, который использовал свои для объединения с , чтобы тот мог телепортировать их в безопасное место. Как и прежде, Саске и Наруто объединяют свои атаки, чтобы Минато и Нидайме Хокаге координировали телепортацию для совместного нападения. Обито рассеивает большую часть техник, а наносимый ими урон быстро восстанавливается.
Саске и Наруто побеждают Обито
На основании нескольких попыток нападения, Наруто приходит к выводу, что Обито в состоянии нейтрализовать . Он и Йондайме Хокаге используют эту слабость, войдя в Сеннин Модо, чтобы атаковать. Видя, насколько сильным стал Наруто, Саске начинает завидовать и злиться. Чтобы продвинуться в реализации своего плана, Обито создаёт копию , делая первый шаг в применении , а также уничтожая часть Альянса Шиноби. Поскольку некоторые члены Альянса, включая Наруто, начинают опасаться, что битва проиграна, Саске использует своё Сусаноо, чтобы пробиться сквозь корни древа, и отчитывает Наруто за его нерешительность, что вдохновляет Наруто продолжить сражаться. Затем Саске заставляет Джуго наполнить Сусаноо своей , позволяя ему помочь Наруто в атаковать Обито. Несмотря на совместную работу, Наруто и Саске атакуют по отдельности, чем Обито пользуется, блокируя каждую поступающую атаку. Решив объединить усилия, Саске покрывает своим Сусаноо аватар Наруто из Биджу Модо, наделяя Кураму мечом и доспехами. Чувствуя, что это будет решающее столкновение, Обито создаёт и щит из Гудодама. Наруто создаёт Расенганы в каждом из хвостов аватара Курамы, которые его друзья из Конохи используют в скоординированном нападении на щит Обито, уничтожая его, в результате чего Биджу обретают свободу.
Мадара пронзает сердце Саске
В то время как Обито оказывается не в состоянии двигаться после своего поражения, Саске готовится добить его. Вернувшийся из измерения Камуи Какаши останавливает его, намереваясь лично разобраться с Обито, после чего он отправляет Саске помочь Наруто разобраться с Мадарой, который сражался с Шодай Хокаге. К тому времени, когда он прибывает туда, Мадара уже и одолел Шодай Хокаге. Саске нападает на него, но Мадара уклоняется и предлагает Саске объединиться с ним, находясь под впечатлением от его способностей. Когда Саске отказывается, Мадара советует ему не вмешиваться, иначе он умрёт. Впоследствии Мадара извлекает Биджу, в том числе и тех, что были запечатаны в Наруто и Киллере Би. Когда он готовится возродить Джуби и стать его Джинчурики, подобно Обито до него, Саске снова нападает, но Мадара парализует его в воздухе. Уже однажды предупредив Саске, Мадара наносит ему удар в грудь его собственным мечом. Саске пытается встать, дабы не позволить Мадаре победить и не дать ему запятнать жертву Итачи, однако быстро теряет сознание, когда его жизнь начинает угасать.
Саске и Наруто принимают силу Хагоромо
Находясь на границе жизни и смерти, Саске встречает Рикудо Сеннина, . Тот рассказывает про свой прошлый конфликт со своей матерью, , а также о разногласиях, возникших между его сыновьями, и . Конфликт его сыновей продолжался на протяжении веков, и их чакра перевоплощалась в новых людей, чтобы сражение никогда не заканчивалось. Саске оказывается Индры, а Наруто — реинкарнацией Асуры. Из-за стремления Мадары к , Хагоромо просит, чтобы он и Наруто объединили усилия и остановили его. Саске соглашается и получает . Он приходит в сознание и обнаруживает, что повреждение его тела было восстановлено Кабуто, освободившегося от воздействия Изанами и чувствующего себя обязанным Итачи. Тем временем левый глаз Саске преобразуется в . Саске освобождает Тобираму от Мадары и просит Хокаге перенести его к местоположению Наруто.
Саске разрубает Мадару
Прибыв на поле боя с Мадарой, Саске использует свой Риннеган, чтобы увидеть Мадары. Когда Мадара пытается украсть левый глаз Саске, тот со своим мечом, заставляя Мадару пронзить себя. Пока Мадара восстанавливается после травмы, Наруто и Саске атакуют оппонента, пытаясь активировать печать, данную им Хагоромо. Понимая, что его планы могут сорваться, Мадара направляется к Какаши и забирает его Мангекё Шаринган, используя его, чтобы отправиться к Обито. Саске догоняет Мадару и разрубает его пополам, но тот использует на своей верхней половине, чтобы перенестись в другое измерение. Позже, Саске удивляется возвращению Сакуры, на которой Обито использовал Камуи, чтобы спасти её от Мадары. Перегруппировавшись с командой 7, будучи в неведении относительно возвращения Мадары, Саске предупреждает остальных быть начеку. Во время ожидания, Какаши вспоминает, как его подопечные представились много лет назад, задаваясь вопросом о текущей цели Саске после смерти Итачи. Когда Какаши спрашивает его об этом, Саске игнорирует его вопрос. Поскольку они ждут неизбежного возвращения Мадары, Какаши напоминает им об их первом уроке как команды 7: о важности командной работы.
Мадара вскоре возвращается, теперь уже с двумя Риннеганами, а восстанавливает контроль над телом Обито. Сакура первая переходит в наступление, тогда как Саске следует за ней. Когда она попадает под удар Мадары, Саске использует Чидори Эйсо, чтобы отрезать путь и позволить Наруто увести её. Он поднимается в небо, отвлекая их внимание , в то время как сам проецирует . Саске уничтожает несколько спутников с помощью своего Кансейтай — Сусаноо, но не успевает вовремя добраться до Мадары, чтобы остановить активацию Муген Тсукуёми.
