Саске покидает Сангаку но Хакаба и посещает два города, оба из которых, к его удивлению, оказываются пустыми. Когда к нему подбегают клоны Широ Зетсу, Саске спрашивает их о том, что сейчас происходит в мире. Зетсу игнорируют его вопрос и пытаются захватить Учиха. Он уничтожает большинство из них с помощью Аматерасу и допрашивает остальных посредством Гендзюцу. Зетсу раскрывает, что Тоби объявил , чтобы захватить Киллера Би и Наруто. Саске обезглавливает последнего Зетсу, а затем отправляется на поиски самого Наруто, намереваясь выполнить своё обещание убить его. Сразу после входа в близлежащий лес Саске замечает Итачи, движущегося в противоположном направлении.
Саске отчаянно преследует Итачи, чтобы поговорить с ним. Поскольку у него были дела в другом месте, Итачи не останавливается, однако отвечает на некоторые вопросы брата: он действительно возродился благодаря , в прошлом он пощадил Саске, так как его младший брат был всего лишь ребёнком, не принимавшим участие в заговоре Учиха против Конохи, а затем подтолкнул Саске встать на путь мести, потому что сожалел об убийстве их семьи и хотел, чтобы Саске стал героем, убив его и отомстив за многочисленные преступные деяния против клана и Конохи в целом. Эти слова только выводят Саске из себя, так как Итачи, по его мнению, не имел права выбирать за него судьбу. Приблизившись к местоположению, Итачи приказывает Саске остаться снаружи. Саске игнорирует его и следует за ним в пещеру, где скрывается пользователь Кучиёсе: Эдо Тенсей.
Саске и Итачи объединяют усилия в битве с Кабуто
Саске изначально принимает пользователя техники за Орочимару, но при ближайшем рассмотрении распознаёт его как . Саске требует от него ответов и тот охотно предоставляет их: Тоби объявил Четвёртую мировую войну Ниндзя, чтобы захватить двух оставшихся Джинчурики и запечатать всех девяти Биджу в себя, тем самым возродив и став его Джинчурики, дабы проецировать на всю планету. Саске также узнаёт, что Тоби обещал отдать его Кабуто в качестве платы за сотрудничество. Не одобряя войну Тоби и Кабуто против всего мира, Саске выходит из себя при мысли, что им манипулировали на протяжении всей его жизни. Поскольку миссия Итачи заключалась в том, чтобы остановить Кабуто и положить конец Кучиёсе: Эдо Тенсей, Саске пытается быстро покончить с этим, просто убив его. Итачи блокирует его атаку, объясняя, что Эдо Тенсей не будет прекращена, если Кабуто умрёт, и что единственный выход — поймать его в Гендзюцу. Осознавая это, Кабуто избегает зрительного контакта с братьями, вместо этого отправляя своих змей атаковать их. Они противостоят змеям с помощью Сусаноо, но Саске замечает, что змеи, как и сам Кабуто, проявляют способности, подобные Суигетсу и Карин. Кабуто объясняет, что он изменил своё тело, используя исследования Орочимару, а также позаимствовал способности Джуго, что позволило ему войти в .
