Un par de meses después de que se impusiera el acta de registro que provoco que la Fuerza del Tiempo se deshiciera, Hiro Hamada regresa a San Fransokio, con la ayuda de su maestro Sherman Peabody y su mejor amigo Miguel Rivera, trata de equilibrar su vida como un estudiante del Instituto tecnologico de San Fransokio, y su lucha contra el crimen con sus amigos como Los Grandes Heroes mientras se enfrentan a nueva amenazas, conocidos mejor como los siniestros.