Maleficent - Angelina Jolie
Prinzessin Aurora - Elle Fanning
Königin Ingrith - Michelle Pfeiffer
Diaval - Sam Riley
Borra - Ed Skrein
Prinz Phillip - Harris Dickinson
Conall - Chiewetel Ejiofor
Knotgrass - Imelda Staunton
Thistlewit - Juno Temple
Flittle - Lesley Manville
König John - Robert Lindsay
Lickspittle - Warwick Davis
Gerda - Jenn Murray
Percival - David Gyasi
In den fünf Jahren seit dem Tod von König Stefan regierte Aurora als Königin der Moore und Maleficent als Wächterin und Beschützerin. Trotz ihres Dienstes hält das benachbarte Königreich Ulstead, Heimat von Prinz Phillip, Maleficent für einen Bösewicht, und während Philipps Vater, König John, Frieden wünscht, hat sich seine Mutter, Königin Ingrith, heimlich auf den Krieg vorbereitet. In den verborgenen Bereichen der Burg stellen Arbeiter Waffen und Munition aus Eisen her, die für alle Feen tödlich sind. Diaval, Maleficents Rabe und Vertrauter, hört, wie Phillip Aurora einen Vorschlag macht. Als er dies an Maleficent weitergeleitet hat, rät sie von der Gewerkschaft ab, aber Aurora besteht darauf, dass sie sich als falsch erweisen wird.
Philipps Eltern veranstalten ein intimes Abendessen, nachdem sie Aurora, Maleficent und Diaval eingeladen haben. Maleficent behält ihre Gelassenheit bei, während Ingrith sie den ganzen Abend über verspottet, indem sie die ungenaue Geschichte wiederholt, die die Menschen glauben gemacht hat, sie sei böse: Die Geschichte von Maleficents schlafendem Fluch auf Aurora ist nur die halbe Wahrheit, weil niemandem jemals die ganze Wahrheit gesagt wurde über ihre liebende Aurora und sich selbst zu opfern, um den Fluch aufzuheben. Ingrith spielt auf Stefans Tod als Mord an und behauptet offen, Maleficent habe zwei menschliche Wilderer getötet, die zuletzt in der Nähe der Mauren gesehen wurden. Maleficent antwortet mit der gleichen Eisigkeit, dass Menschen Feen entführt haben, und deutet an, dass sie glaubt, dass der Befehl dazu vom König oder der Königin kommt.
Als Ingrith Maleficents mütterliche Bindung zu Aurora aufgibt und behauptet, dass die Ehe Ingrith zu ihrer wirklichen Mutter machen wird, reagiert Maleficent, indem sie wütend einen Ausbruch magischer Energie freisetzt. John fällt plötzlich bewusstlos zu Boden und Ingrith schreit, dass Maleficent ihn verflucht hat. Maleficent bestreitet, ihn verflucht zu haben, aber Aurora glaubt ihr nicht. Phillip fordert seine Mutter auf, John mit einem Kuss zu wecken. Ingrith lehnt ab und ihr schwacher Versuch scheitert, weil sie ihren Ehemann nicht liebt.
Als Maleficent aus der Burg flieht, schießt Ingriths rechte Hand, Gerda, Maleficent mit einer eisernen Kugel. Verwundet fällt Maleficent in den Ozean, nur um von einer mysteriösen geflügelten Kreatur gerettet zu werden. Sie erwacht in einer Höhle, in der sich Feen wie sie versteckt haben. Unter ihnen sind Conall, ihr friedlicher Anführer, der Maleficent gerettet hat, und Borra, eine kriegerische Fee, die offene Konflikte mit Menschen bevorzugt und die Wilderer in der Nähe der Mauren getötet hat. Maleficent gehört zu den letzten Kreaturen, die als Dark Phoenix Fae bekannt sind, mächtige Feen, die gezwungen sind, sich zu verstecken und durch menschliche Unterdrückung fast ausgestorben sind. Sie ist auch der letzte Nachkomme des Phönix, einer alten und mächtigen Vorfahren der Dunklen Feen. Weil Maleficents Magie so mächtig ist, glauben Conall und Borra, dass sie dazu beiträgt, den Konflikt mit Menschen entweder durch Frieden oder durch Krieg zu beenden.
Währenddessen werden die magischen Bewohner der Mauren zur königlichen Hochzeit eingeladen, aber Aurora wird desillusioniert, eine Ulstead-Adlige zu sein. Später opfert sich Conall, um Maleficent während eines menschlichen Angriffs auf die Dunklen Feen wieder zu retten, und veranlasst Borra, den Menschen den Krieg zu erklären. Aurora entdeckt, dass Ingrith John mit Maleficents alter verfluchter Spindel verflucht hat, da sie alle Moorfee-Leute hasst. Als Ingrith erfährt, dass Aurora es weiß, offenbart sie, dass sie den Wohlstand der Mauren in einer Zeit, in der ihr Königreich gelitten hat, bitter ablehnt und sie auch für den Tod ihres Bruders verantwortlich macht. Sie plant, alle Feen und Waldwesen mit den Eisenwaffen sowie einem tödlichen purpurroten Pulver auszurotten, das von Lickspittle, einem entflügelten Elf, entwickelt wurde. Wenn die Mauren ankommen, sind sie in der Schlosskapelle gefangen.
Auf Ingriths Befehl setzt Gerda das tödliche purpurrote Pulver frei, indem sie auf der Orgel der Kapelle spielt. Die Fee Flittle opfert sich selbstlos, um alle als letzten Ausweg zu retten, indem sie die Orgel verstopft und die Orgel unspielbar macht, während ihre Freunde Knotgrass und Thistlewit Gerda in den Tod stürzen lassen. Die Dunklen Feen starten einen Angriff auf Ulstead, aber die Palastsoldaten beginnen, sie zu massakrieren, bis Maleficent, die ihre Phönixkraft kanalisiert, sich der Schlacht anschließt. Sie tötet Ingrith fast, aber Aurora appelliert an Maleficents Menschlichkeit, sie zu schonen, und erklärt, dass Maleficent ihre einzige Mutter ist. Mit Maleficent abgelenkt feuert Ingrith ihre Armbrust ab. Maleficent rettet Aurora, wird aber vom Pfeil getroffen und löst sich in Asche auf. Am Boden zerstört trauert Aurora um Maleficent, aber nachdem Auroras Tränen in die Asche fallen, wird Maleficent als Phönix wieder geboren.
Entsetzt und wütend wirft Ingrith Aurora vom Turm, um sie zu töten, und fordert Maleficent auf, sie erneut zu retten. Phillip schmiedet Frieden zwischen den Feen und den Menschen und die Ulstead-Soldaten treten zurück. Maleficent kehrt zu ihrer Feenform zurück und gibt Aurora und Phillip schließlich ihren Segen, als sie merkt, dass sie zusammen gehören. Lickspittle beschließt, Ingriths Anweisungen nicht mehr zu folgen und gibt Maleficent die Spindel, mit der John und zuvor Aurora verflucht wurden. Maleficent zerstört die Spindel und ihren Fluch und weckt John aus seinem Schlaf. Auf ihrer Flucht wird Ingrith von Borra und den anderen Dark Fae gestoppt und gefangen genommen. Als Strafe für ihre Verbrechen wird sie von Maleficent in eine Ziege verwandelt, bis sie den Frieden zwischen den beiden Menschen akzeptieren kann. Nachdem Aurora und Philip geheiratet haben, kehrt Maleficent mit den anderen Dark Fae zu den Mauren zurück und bringt den jungen Feen das Fliegen bei. Sie verspricht zurückzukehren, wenn es eine "Taufe" für Auroras und Philipps zukünftiges Kind gibt.