Esta historia nos presenta a nuevos protagonistas de este maravilloso universo creado por Valve. Aquí veremos como 2 compañeros de trabajo, Jonathan Miller y Oliver Davies, que comenzaran su lucha por la supervivencia tras el incidente en el área de de investigación en Nuevo México, Black Mesa. Conocida como "La Cascada de Resonancia", este accidente a gran escala, provocara que nuestros protagonistas y personal de Black Mesa trabajen juntos, para sobrevivir no solo en contra de los peligros de este "incidente" sino también con los peligros que este trae consigo.