Num futuro não tão distante, a tecnologia de discos de duelos assim como o ambiente virtual, evoluíram graças à Kaiba Corporation, transformando duelos de monstros em algo além da imaginação humana. Uma nova geração de duelistas emerge em uma cidade chamada NeoDuelCity, onde duelos são realizados em uma realidade virtual imersiva como no antigo evento de Duel Links. A história segue em volta de Kai Hiroshima, uma jovem e talentosa duelista de apenas 17 anos, enquanto ela desbrava os segredos dos "Códigos do Duelo" sem saber que ela é descendente distante de um antigo e famoso duelista, mais conhecido como Yugi Muto. Ao longo da história ela acha uma carta misteriosa, que cita um antigo artefato raro, chamado de "Enigma do Milênio", ela fica curiosa para resolvê-lo e achá-lo. Diante a isso, Kai se ver envolvida em um novo conflito envolvendo antigas cartas misteriosas e precisando assim, reunir novamente o seu velho grupo de duelistas da antiga cidade para enfrentarem uma nova ameaça oculta que está prestes a usar os famosos códigos do duelo para um mal catastrófico se não for impedido.
8 parts