Sonic assistant du capitaine Knuckles découvrira lors d'une aventure un mystérieux pirate évanoui contre un rocher il décidera par la suite de l'emmener a son capitaine qui refusera de le garder mais Sonic le gardera cacher malgré les interdictions de son capitaine mais quand le mystérieux pirate nommée Shadow se réveillera celui-ci tentera de s'échapper malgré que Sonic l'en empêchera Shadow acceptera de rester cacher et de plus s'enfuir mais l'équipage de Knuckles commencera à trouver le comportement de leur ami bizarre et décideron de mener l'enquête sans que Sonic s'en rende compte mais quand ils apprendront ce que Sonic leur cache depuis le début Sonic et Shadow étaient loin de se douter de ce qu'il leur arrivera