Nikita es un joven de 29 años, uno de los últimos humanos sobrevivientes de una de las muchas guerras contra las maquinas, situado en Japón en el año 2204. Después de la pérdida de su familia por "mano" de las maquinas busca cómo sobrevivir. Pero la reciente muerte de su compañero tras caer desde un abismo, hace que se encuentra con una joven de nombre Aki, que le acompañará en su viaje. Ambos se enteran que las maquinas crearan al ARU perfecto, la creación de los Taiji , Nikita junto a Aki tienen que encontrar una solución rápida para detenerlas o el último humano desaparcera de la faz de la tierra.