La historia comienza un 23 de febrero en la que el Jesus of Suburbia (Jesús de los suburbios), un joven americano medio, está harto de ver por los medios, la manipulación que sufre en la televisión, sobre las mentiras que cuenta la administración Bush sobre la Guerra de Iraq, la visión esterotipada de su país que se ve en el mundo, por culpa de un presidente pueblerino y que crea histeria colectiva entre la población que le sigue, no sintiéndose un idiota americano ni tampoco la parte "amariconada" de América. (1.American Idiot)
Jesus de Suburbia vive con su madre divorciada y su novio Brad en un barrio ficticio llamado "Jingletown, USA". Su niñez la pasó "en una estricta dieta de gaseosa y Ritalin", viendo la televisión, y experimentando con drogas ajenas (2 - I. Jesus of Suburbia).
Durante el mes de marzo, desilusionado con su vida en Jingletown, piensa que ese no es su lugar (2 - II. City of the Damned), se siente rechazado y traicionado por sus hipócritas "amigos de siempre" (III. I Don't Care) y el efecto que ello produce en su mente, yendo incluso a terapia para llenar su vacío espiritual (2 - IV. Dearly Beloved), Jesus decide huir de su barrio y cambiarlo por "La Ciudad" (2 - V. Tales of Another Broken Home).
Jesús llega a "La Ciudad" el 1 de abril, teniendo que dormir en la calle durante un día lluvioso y viviendo la realidad de la gente que, como él, no cree en la verdad que les venden en la televisión y la represión que los medios de seguridad hacen sobre ellos. (3.Holiday)
Durante un mes, Jesus se siente solo a pesar del bullicio de "La Ciudad", donde deambula por las noches, por las calles vacías, en busca de una alma gemela, alguien con quien hablar (4. Boulevard of Broken Dreams, 5. Are We The Waiting), así que decide dar un cambio radical a su personalidad. Así, adopta una nueva imagen, "St. Jimmy" (7 de mayo), y un estilo de vida, la de un impredecible, rebelde y violento criminal: Saint Jimmy (6. St. Jimmy). La soledad y la falta de medios, le hace buscarse la vida mangando en supermercados y siendo descubierto más de una vez, debiendo pagar horas de servicio a la comunidad. Estos enfrentamientos le hacen endurecerse (Shoplifter, single).
Durante los meses siguientes, se vuelve adicto y fabrica drogas (7. Give Me Novacaine).
En las fiestas de la Independencia de los EEUU, (4 de julio) Jimmy conoce a una chica sin nombre a la que le llaman, la vieja Whatsername (Comosellama?), una chica que le fascinó a primera vista, una auténtica rebelde, no alguien fingiendo ser alguien que no es realmente (8. She's a Rebel), y empiezan a salir juntos. Actuando como "St. Jimmy", se enamora totalmente de ella, pero es incapaz de darle lo que realmente necesita debido a su propia inseguridad, aunque ella resulta ser muy sensible, y resulta ser igual que Jimmy, una imagen que vender, siendo muy diferentes de lo que son en realidad (9. Extraordinary Girl).
Viven del desempleo, aunque ella se harta de la vida que llevan, en una carta para Jesus/Jimmy, Whatsername expresa la frustración que éste la causa, y le cuenta que lo abandona (un 18 de agosto), a él y a "La Ciudad" antes de que esto le destruya (10. Letterbomb).
Con el corazón hecho pedazos, Jesus cae un oscuro periodo de depresión (11. Wake Me Up When September Ends), y entonces decide abandonar la identidad de St. Jimmy, fingiendo un suicido en la bahía, un 11 de octubre (12 - I. The Death of St. Jimmy).
Tras ello, se emborracha para olvidar las penas, y acaba preso en la comisaría de la calle East 12th Street" donde está encerrado y pide a gritos que le liberen, allí en la celda se da cuenta de que esa "******" de vida, no estaba hecha para él, (12 - II. East 12th St.). Tras una noche de insomio delante de la tele, con la esperanza de que Whatsername vuelva, se da cuenta de que nadie en "La Ciudad" le soporta y todos sus amigos le abandonaron, mientras él todavía le da vueltas a la mente, preguntandose dónde estará Whatsername (12 - III. Nobody Likes You). Tras una postal de su amiga Tunny, en la que le cuenta que ha triunfado en la vida (12 - IV. Rock and Roll Girlfriend), le entró nostalgia y decidió volver a Jingletown para huir de su vida en "La Ciudad" y volver al que es realmente es su hogar (12 - V. We' re Coming Home Again).
El 1 de enero del año siguiente, aún pensaba en Whatsername, pero decide superarla quemando todas sus fotos y hacerse a la idea de que ella no volverá, aunque sigue imaginándose como hubiera sido la vida de ambos si se hubiese quedado con ella. Cree que se pudo casar con "el viejo Whatshisface", pero se da cuenta de que aunque no la podrá olvidar, los arrepentimientos son inútiles, y que no podrá volver atrás (13. Whatsername).