Il protagonista Mizuki Hayate Kobayashi, maltrattato dal padre e in conflitto con il fratello Daisuke, viene costretto a pulire il laboratorio del nonno insieme a lui. Daisuke attiva un portale rischiando di essere risucchiato, ma Mizuki lo salva entrando al suo posto. Si risveglia in una foresta sconosciuta affetto da una malattia che colpisce i cinque sensi. Soccorso da una ragazza samurai di nome Misaki, scopre di essere nel passato (1524) e si presenta con il nome falso di Hayate Tachibana per evitare di cambiare il futuro. Insieme partono per trovare il primo amuleto di Chronos, ma il viaggio è pericoloso a causa di un virus che si nutre del cervello degli esseri viventi. Dopo aver incontrato la sacerdotessa che custodisce l'amuleto, Mizuki scopre che per ritornare al suo tempo e guarire dalla sua malattia, deve raccogliere tutti e cinque gli amuleti, due dei quali sono scomparsi, e per farlo dovrà tornare indietro nel tempo e parlare con la creatrice degli amuleti. Inizia così l'avventura di Mizuki, viaggiando in diverse epoche per raccogliere gli amuleti, scoprire la verità sulla sua famiglia e affrontare il virus che sta distruggendo i suoi antenati.
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