Raito wacht ohne Erinnerungen in einer Welt auf, in der nur Pokémon leben. Als Mensch fühlt er sich einsam und wünscht sich nichts sehnlicher, als eines von den Pokemon zu sein. Als er jedoch entdeckt, dass er in der Lage ist, den Körper eines Pokémon zu übernehmen, beginnt für ihn eine lange Reise zwischen den Welten, auf der Suche nach einem Ort, an dem er sich wohlfühlt und wo er und seine neuen Freunde leben können. Jedoch hat er keine Ahnung, dass seine ganze Existenz eine einzige Lüge ist...